Zentrales Ziel des SFB ist es zu verstehen, wann bei Diabetes mellitus Spätschäden auftreten, auch wenn der Blutzucker gut eingestellt ist. Der SFB verfolgt die Hypothese, dass Veränderungen von wichtigen körpereigenen Eiweißen durch reaktive Metabolite dafür verantwortlich sind. Reaktive Metabolite, die im Zentrum der Forschung stehen, sind Dicarbonyle wie zum Beispiel Methylglyoxal und reaktive Sauerstoffspezies.
Weitere Ziele sind es  zu verstehen, wie diese reaktiven Metabolite bei Diabetes vermehrt entstehen, wie sie diabetische Folgeschäden verursachen und als Fernziel neue Therapieverfahren zu entwickeln, die vorhandene Spätschäden zurückbilden.